historico:2014:ensaios:madelaire
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historico:2014:ensaios:madelaire [2014/10/22 16:31] – cmadelaire | historico:2014:ensaios:madelaire [2022/11/24 14:12] (atual) – edição externa 127.0.0.1 | ||
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+ | **INTRODUÇÃO A SELEÇÃO DE MODELOS E APLICAÇÃO EM ESTUDOS ECOFISIOLÓGICOS** | ||
+ | **Carla Bonetti Madelaire** - Doutoranda do programa de pós-graduação em Fisiologia Geral do Instituto de Biociências da Universidade de São Paulo - cmadelaire@yahoo.com.br | ||
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+ | O processo científico em Biologia procura entender como e por quê ocorrem determinados padrões e processos na natureza. Esse entendimento ocorre através de análise de dados coletados empiricamente (Johnson e Omland, 2004). Variáveis que possivelmente explicam um processo ou padrão são coletadas e executam-se análises estatísticas que permitam embasar hipóteses e inferências. Embora acredite-se que a estatística frequentista seja adequada para experimentos de manipulação (Mazzeroli, 2006), o mundo biológico real abriga uma maior diversidade de variância e padrões de distribuição de dados que não são contemplados pelas análises da estatística clássica. | ||
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+ | Nesse sentido, os métodos de seleção de modelos | ||
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+ | O primeiro passo para empregar o método de seleção de modelos é formular hipóteses biológicas no formato de modelos. Sendo que a variável resposta = φ que pode ser explicada por variáveis preditoras = ω 1 e/ou ω 2: | ||
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+ | Modelo 1: φ ~ ω 1 | ||
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+ | Modelo 2: φ ~ ω 2 | ||
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+ | Modelo 3: φ ~ ω 1 + ω 2 | ||
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+ | Modelo 4: φ ~ ω 1 * ω 2 | ||
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+ | Este é um passo essencial que deve ser realizado durante a elaboração do projeto, pois as hipóteses verbais ou gráficas são transcritas em modelos que irão guiar o processo de coleta de dados. Os modelos devem representar o entendimento teórico de quais fatores estão envolvidos no processo que está sendo investigado (Johnson e Omland, 2004). | ||
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+ | O segundo passo envolve ajustar os modelos aos dados observados utilizando o método de máxima verossimilhança (Johnson e Omland, 2004). Para sabermos o valor de verossimilhança de um modelo, utilizamos a função de verossimilhança que calcula como o valor dos parâmetros dos modelos variam dado um conjunto de observações (Batista, 2009). Esse valor de verossimilhança é calculado para todos os modelos postulados. Assim, temos em valores numéricos quão verossímil é cada uma das hipóteses ou modelos. | ||
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+ | O terceiro passo envolve a seleção do melhor modelo, ou seja, escolher entre as hipóteses elencadas a que suporta melhor o seu conjunto de observações. Através dos valores de verossimilhança pode ser feito um ranqueamento decrescente, | ||
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+ | O quarto passo envolve a inferência de padrões e processos a partir dos dados observados e do(s) modelo(s) selecionado(s) (Johnson e Omland, 2004). A inferência a partir de um ou mais modelos pode considerar a importância das variáveis preditoras e essa importância pode ser calculada a partir da normalização da verossimilhança do conjunto de modelos. A normalização da verossimilhança consiste em atribuir um peso de evidência a partir da verossimilhança, | ||
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+ | Com o intuito de tornar esses conceitos e a aplicação da técnica de seleção de modelos mais palpável, darei um exemplo a partir de dados parciais obtidos na minha dissertação de mestrado analisados com esta técnica. | ||
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+ | **ANÁLISE DE SELEÇÃO DE MODELOS EM ESTUDOS ECOFISIOLÓGICOS – UM EXEMPLO PRÁTICO** | ||
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+ | Estudos ecofisiológicos procuram entender como e por quê alguns processos ocorrem e se há sinergia entre as diferentes variáveis que podem afetar determinados processos. No caso dos anfíbios anuros, a maior parte das espécies apresenta um padrão reprodutivo sazonal, caracterizado nos machos por um pico de andrógenos que desencadeia maturação testicular, bem como manutenção do comportamento sexual. No entanto, os altos níveis de andrógenos podem apresentar um efeito imunossupressor, | ||
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+ | PASSO 1- Formulação das hipóteses, de acordo com o // | ||
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+ | Nossa hipótese inicial é que a variação sazonal da testosterona associada a intensidade parasitária pode afetar a massa de órgãos. A testosterona é um hormônio que estimula o crescimento e desenvolvimento muscular dos animais, assim animais maiores podem apresentar rins e baços | ||
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+ | Modelo 1: φ ~ 1 (modelo nulo) | ||
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+ | Modelo 2: φ ~ testosterona | ||
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+ | Modelo 3: φ ~ parasitas | ||
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+ | Modelo 4: φ ~ período | ||
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+ | Modelo 5: φ ~ testosterona + parasitas | ||
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+ | Modelo 6: φ ~ testosterona*parasitas | ||
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+ | Modelo 7: φ ~ testosterona + período | ||
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+ | Modelo 8: φ ~ parasita + período | ||
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+ | Modelo 9: φ ~ testosterona + parasita + período | ||
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+ | Modelo 10: φ ~ testosterona * parasita + período | ||
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+ | PASSO 2 - Ajuste dos modelos | ||
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+ | PASSO 3 - Ranqueamento e escolha do melhor modelo, utilizando a função AICctab. A função AICctab pode apresentar como resultado o ranqueamento dos modelos em ordem decrescente, | ||
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+ | AICctab(M1, | ||
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+ | Ranqueamento dos modelos: | ||
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+ | ^ ^ AIC ^ df ^ dAICc ^ AICweight | ||
+ | | M2 | 58.8 | 3 | ||
+ | | M6 | 59.9 | 5 | ||
+ | | M5 | 60.4 | 4 | ||
+ | | M7 | 63.8 | 5 | ||
+ | | M1 | 64.4 | 2 | ||
+ | | M3 | 65.4 | 3 | ||
+ | | M4 | 65.9 | 4 | ||
+ | | M9 | 67.5 | 6 | ||
+ | | M8 | 68.5 | 5 | ||
+ | | M10| 68.9 | 7 | ||
+ | |||
+ | Importante salientar que a escolha do limite do valor de dAICc que considera dois ou mais modelos igualmente plausíveis sugerido por Burnham & Anderson (2002) é 2. No entanto, a utilização de um limite menor pode ficar a critério da parcimônia do cientista. Ao utilizarmos dAICc até 2, obtivemos que o modelo 2 e 6 são os mais verossímeis para explicar a variação de dados morfológicos. O modelo 2 apresenta uma chance de 54% de ser o melhor para explicar os dados, e o modelo 6 apresenta 21% de chance. | ||
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+ | PASSO 4 - Inferência | ||
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+ | De acordo com os modelos selecionados, | ||
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+ | {{historico: | ||
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+ | Figura 1. Relação entre Componente morfológico e concentração plasmática de testosterona. | ||
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+ | {{historico: | ||
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+ | Figura 2. Relação entre Componente morfológico e número de parasitas totais. | ||
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+ | {{historico: | ||
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+ | Figura 3. Relação entre número de parasitas totais e concentração plasmática de testosterona. | ||
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+ | **Referências bibliográficas** | ||
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+ | Batista, J.L.F. 2009. Verossimilhança e Máxima Verossimilhança. Centro de Métodos Quantitativos, | ||
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+ | Bolker, B.M. 2008 Ecological Models and Data in R Princeton: Princeton University Press. | ||
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+ | Burnham, K.P. e Anderson, D.R. 2002. Model selection and multimodel inference. A practical information - theoretic approach. Springer, New York. | ||
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+ | Burnham, K.P., Anderson, D.R. 2004. Multimodel inference: understanding AIC and BIC in model selection. Sociol. Method. Res. 33: 261-304. | ||
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+ | Burnham, K.P., Anderson, D.R. e Huyvaert, K.P. 2011. AIC model selection and multimodel inference in behavioral ecology: some background, observations, | ||
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+ | Ellison, A.M. 1996. An introduction to Bayesian inference for ecological research and environmental decisionmaking. Ecol. Appl. 6: 1036-1046. | ||
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+ | Hurvich, C.M. e Tsai, C-L. 1989. Regression and time series model selection in small samples. Biometrika 76: | ||
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+ | Johnson, J. B. & Omland, K. S. 2004. Model selection in ecology and evolution. Trends in Ecology and Evolution, 19:101-10 | ||
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+ | Mazerolle, M.J. 2006. Improving data analysis in herpetology: | ||
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+ | Symonds, M.R.E. e Moussalli, A. 2011. A brief guide to model selection, multimodel inference and model averaging in behavioural ecology using Akaike’s information criterion. Behav Ecol Sociobiol. 65:13–21. | ||
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+ | Sugiura, N. 1978. Further analysis of the data by Akaike’s information criterion and the finite corrections. Commun Stat, Theory. Methods A7:13–26. | ||
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+ | Turkman, M. e Silva, G. 2000. Modelos Lineares Generalizados - da teoria à prática, Universidade Técnica de Lisboa. | ||
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+ | Wade, P.R. 2000. Bayesian methods in conservation biology. Conserv. Biol. 14: 1308-1316. |